STORY -ストーリー-

戦いの末に自分たちの世界を取り戻し、それぞれが生きるべき場所へと戻ったガッチャマン=健、テッカマン=城二、ポリマー=武士、キャシャーン=鉄也の四人。
しかし彼らはある目的のため、笑と共に再び時空を超えて一つの世界へと降り立った。
そこは平和を脅かす人類の敵「ギャラクター」が猛威を振るい、それに対抗するガッチャマン率いる「科学忍者隊」が戦い続けた世界。
だが、その世界の様子に違和感を覚える彼らの前に、一人の男が姿を現す。それは科学忍者隊の創設者、南部博士。見知ったはずの健に不審な表情を向ける南部は、ヒーローたちに思わぬ言葉を告げる。「どうやら君たちは私の敵らしい」と……。
そして、その様子をビルの上から見つめる一つの影があった。それは健と共にギャラクターと戦い続けた、科学忍者隊のナンバー2。
その名を“コンドルのジョー”。

4大ヒーローの新たなる激闘が、スクリーンで幕を開ける!